Hace miles de años, Bor, padre de Odín, venció a los elfos oscuros dirigidos por Malekith, quien trató de devolver el universo a su estado antes de la creación con una fuerza llamada "Aether". Luchando contra los guerreros mejorados de Malekith, Bor contiene el Aether dentro de una columna de piedra. Sin saberlo él, Malekith, el teniente Algrim y otros escapan, entrando en animación suspendida. En la actualidad, 1 año después de la lucha con Los Vengadores; en Asgard, Loki está delante de Odin con grilletes y es condenado a prisión por causar destrucción en Nueva York, mientras que Thor, junto a los guerreros Fandral, Volstagg y Sif van a detener a los invasores de Vanaheim, el hogar de Hogun su camarada, es la batalla final de un período de dos años guerra. En Londres, la astrofísica Jane Foster, quien todavía no ha visto a Thor, tiene una cita para almorzar con un hombre llamado Richard (Chris O'Dowd), pero es interrumpida por su pasante Darcy Lewis. Ella lleva a Foster a una fábrica abandonada donde las leyes de la física se han visto alteradas, un grupo de niños descubrió que los objetos lanzados por una escalera aparecen por encima de ellos o se desvanecen.
Foster también se entera de que su colega, el Dr. Erik Selvig al parecer se ha vuelto loco y ha sido detenido después de intentar llevar a cabo experimentos científicos en Stonehenge desnudo. Foster, lleva su propio equipo científico a la fábrica, en ese momento es aspirada en una especie de torbellino donde el Aether la penetra. Los asgardianos advierten que una rara alineación de los nueve reinos cósmicos es inminente, y en lugares donde se topen los Reinos, como en el caso de la fábrica, se crean portales. Cuando Heimdall le dice a Thor que Foster ya no está en la Tierra, Thor emprende la búsqueda de esta allí.
Jane despierta en la fábrica después de cinco (5) horas en el otro reino, luego de este suceso ella se encuentra con el hecho de que puede liberar grandes cantidades de energía y se da cuenta de esto en el momento en que un oficial de policía la toca. Sintiendo el origen sobrenatural de esta fuerza, Thor lleva a Jane a Asgard, pero sus médicos, incluyendo Eir, dicen que no se puede quitar. Odin se da cuenta entonces de que ella es la "vasija" del Ether y esto anuncia una profecía catastrófica. Frigga (la esposa de Odin, madre de Thor y la madre adoptiva de Loki) toma bajo su protección a Jane. En forma holográfica, Frigga visita a Loki en su celda para transmitir su amor y decepción. Malekith y sus fuerzas, despertados por la liberación del Ether, atacan Asgard y convierten a Algrim en un guerrero mayor llamado "Kurse". En la batalla, Malekith y Algrim encuentran a Jane en la cámara de Frigga, tras una pelea matan a Frigga.
Jane no estaba con ellos sino que era un holograma, ya que, la verdadera Jane está con Thor, que ha recibido la orden de permanecer y proteger Asgard. Tras el funeral de Frigga, Thor hace equipo de mala gana con Loki, que al saber de la muerte de su madre, decide ayudar a su hermanastro, Loki conoce un pasaje secreto hacia el reino de Los Elfos Oscuros.
Con Volstagg y Sif cubriendo su puesto, los dos comandan una nave espacial de los Elfos Oscuros y escapan con Jane. Con la ayuda de Fandral y un barco volador, escapan de Asgard para perseguir a las fuerzas de Malekith. En la Tierra, Lewis, ha tratado en vano de llegar a SHIELD, mientras tanto el Dr. Selvig se ha liberado de la sala psiquiátrica de un hospital con la ayuda de su propia interna Ian. Thor, Loki y Jane se enfrentan a Malekith y Algrim en un yermo desolado, donde, después de una trampa Loki parece traicionar a Thor, pero luego de eso Loki deshace su ilusión, Thor intenta destruir el Aether que finalmente absorbe Malekith. Thor intenta evitar que Malekith se marche en su nave y Algrim defiende a Malekith que se marcha. Tras una dura batalla Algrim parece vencer a Thor mientras Loki se deshace de unos secuaces de Malekith, llega justo antes de que Algrim acabe con Loki y se sacrifica para mantener vivo a Thor.
Thor y Jane regresan a la Tierra después de tropezar con un portal entre reinos encontrando las cosas que tiraban en la vieja fábrica gracias a una llamada de teléfono que recibe Jane. La batalla se traslada a Londres, donde Malekith, en una nave imponente, "usará el Aether en el momento exacto y lugar exactos de convergencia de los Nueve Reinos" (Greenwich) para destruir el universo y restaurar el estado de la energía oscura en la que los Elfos Oscuros prosperan. Thor se enfrenta a Malekith, Jane usa un dispositivo de Selvig que han construido para cambiar la energía de los Nueve Reinos en donde se encuentran necesitando 8 minutos. Mientras Thor y Malekith luchan pasando en portales que llevan a diferentes mundos hasta que los dos regresan a la tierra separándose. Thor regresa para ayudar a Jane y a Selvig, Thor se encuentra una vez más con Malekith y usa el dispositivo de Selvig y transporta a Malekith en el último momento y a parte de su nave a otro reino, provocando que la nave se desmorone al pasar por un portal aplaste a Malekith mientras que Thor que es auxiliado por Jane que veía caer la nave sobre Thor.
Thor se despide de Jane. En Asgard, Thor rechaza la oferta de Odín para tomar el trono y le cuenta el sacrificio de Loki. En el momento en que Thor se retira, la imagen de Odín se revierte y se revela que en verdad se trataba de Loki, por lo que se entiende que no murió, quien cambiando de forma, ha usurpado el trono de Asgard.
En la primera de las dos escena post-créditos, Volstagg y Sif visitan a Taneleer Tivan conocido como el Coleccionista y encomiendan a su cuidado el Aether, comentando que con el Tesseracto ya en Asgard, no es sabio tener 2 gemas del infinito. Sif le entrega una de las Gemas del Infinito (Realmente es el "Aether") y le exige que la cuide muy bien y el se los promete. Al salir ellos, el Coleccionista dice "Una menos, voy a buscar cinco".
En la siguiente escena post-creditos se ve a Thor llegando a la Tierra a reunirse con Jane Foster tras darse un apasionado beso se ve al monstruo de Jotunheim que había ingresado previamente en Londres persiguiendo aves.
Después de los créditos aparece las letras Thor regresará.
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